Open Source: ehrapy für die Analyse komplexer Gesundheitsdaten

Unter Federführung von Helmholtz Munich haben Wissenschaftler:innen eine frei zugängliche Softwarelösung entwickelt – speziell für die Analyse komplexer medizinischer Gesundheitsdaten. Das Open-Source-Programm namens „ehrapy“ ermöglicht es Forschenden, große, heterogene Datensätze zu strukturieren und systematisch zu untersuchen. Die Software steht der wissenschaftlichen Gemeinschaft weltweit zur Verfügung, um sie zu nutzen und weiterzuentwickeln.

Ehrapy soll eine zentrale Lücke in der Analyse von Gesundheitsdaten schließen, sagt Lukas Heumos, einer der Hauptentwickler und Wissenschaftler am Institute of Computational Biology bei Helmholtz Munich und der Technischen Universität München (TUM): „Es gab bisher keine standardisierten Tools, um vielfältige und komplexe medizinische Daten systematisch und effizient auszuwerten. Das haben wir mit ehrapy geändert.“ Das Team hinter ehrapy kommt ursprünglich aus der biomedizinischen Forschung und hat große Erfahrung bei der Auswertung komplexer wissenschaftlicher Datensätze. „Der Gesundheitssektor steht vor ähnlichen Herausforderungen bei der Datenauswertung wie Menschen, die im Labor forschen“, war Heumos´ Feststellung zu Beginn des ehrapy-Projekts.

Ehrapy ist von Anfang an als Open-Source-Software konzipiert worden. „Es war uns wichtig, die Software von Tag eins an der wissenschaftlichen Gemeinschaft zugänglich zu machen“, betont Heumos. Die Software steht als so genanntes Python-Package auf GitHub, einem Online-Dienst zur Softwareentwicklung, zur Verfügung und kann von Forschern weltweit genutzt und weiterentwickelt werden.

Derzeit liegt der Fokus von ehrapy darauf, Forschungsdatensätze, wie sie etwa in großen Gesundheitsforschungszentren gespeichert werden, effizienter und schneller analysieren zu können. „Ein routinemäßiger Einsatz in der klinischen Praxis ist ein langfristiges Ziel, aber zunächst konzentrieren wir uns darauf, der Forschungsgemeinschaft ein leistungsfähiges Werkzeug zur Verfügung zu stellen“, sagt Heumos.

Zukünftig plant das Team, standardisierte Datenbanken für elektronische Gesundheitsdaten (EHRs) bereitzustellen. Diese Datenbanken sollen es ermöglichen, große Mengen medizinischer Daten besser zu integrieren und zu analysieren. Des Weiteren ermöglicht dies die Entwicklung von EHR-Atlanten, die als Referenzdatensätze zur Kontextualisierung und Annotation neuer Datensätze dienen können.

Helmholtz Munich ist ein biomedizinisches Spitzenforschungszentrum. Seine Mission ist, bahnbrechende Lösungen für eine gesündere Gesellschaft in einer sich schnell verändernden Welt zu entwickeln. Interdisziplinäre Forschungsteams fokussieren sich auf umweltbedingte Krankheiten, insbesondere die Therapie und die Prävention von Diabetes, Adipositas, Allergien und chronischen Lungenerkrankungen. Mittels künstlicher Intelligenz und Bioengineering transferieren die Forschenden ihre Erkenntnisse schneller zu den Patient:innen. Helmholtz Munich zählt rund 2.500 Mitarbeitende und hat seinen Sitz in München/Neuherberg. Es ist Mitglied der Helmholtz-Gemeinschaft, mit mehr als 43.000 Mitarbeitenden und 18 Forschungszentren die größte Wissenschaftsorganisation in Deutschland. 

Ehrapy auf GitHub: https://github.com/theislab/ehrapy

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