NeoHunter: Software erkennt Neoantigene bei Krebs

Die Philosophie von NeoHunter stehe “im Einklang mit dem biologischen Prozess von Neoantigen-induzierten Immunreaktionen”, schreiben die Autoren von der chinesichen Tsinghua-Universität in Peking. Das Prinzip:

Zunächst erkennt NeoHunter verschiedene Arten von molekularen Veränderungen in den Daten von Krebspatienten. In der Zwischenzeit entschlüsselt NeoHunter die Typen der menschlichen Leukozytenantigene (HLA). Anschließend schätzt NeoHunter den Grad der Bindung zwischen mutierten Peptiden und HLA-Allelen.

Die Autoren haben NeoHunter auf Krebspatienten angewandt, die von der Tumor Neoantigen Selection Alliance (TESLA) erfasst wurden. TESLA validierte einige Neoantigen-Kandidaten in vitro und bestätigte, dass 34 Kandidaten immunogen sind. NeoHunter entdeckte 27 validierte Neoantigene und erzielte im Vergleich zu bestehenden Neoantigen-Erkennungsmethoden eine hohe Leistung bei mehreren Bewertungsmetriken.

“Diese Ergebnisse legen nahe, dass bei der Entwicklung von Krebsimpfstoffen gegen Neoantigene verschiedene Arten von Mutationen sorgfältig berücksichtigt werden sollten”, heißt es dazu ineiner Mitteilung der Universität.

Darüber hinaus analysierten die Autoren die Auswirkungen der Mutationsannotationstools auf die Erkennung von Neoantigenen. NeoHunter sei ein umfassendes und effektives Werkzeug für die Erkennung von Neoantigenen und könne die Entwicklung von personalisierten Krebsimpfstoffen vorantreiben. Das Tool zum Aufspüren aller Neoantigene steht für die freie akademische Nutzung auf Github zur Verfügung.

Original Paper:

• NeoHunter: Flexible software for systematically detecting neoantigens from sequencing data – Ma – 2024 – Quantitative Biology – Wiley Online Library
   

Weiterführende Informationen:

• Neoantigens: promising targets for cancer therapy | Signal Transduction and Targeted Therapy (nature.com)
   
• Main Strategies for the Identification of Neoantigens – PMC (nih.gov)
   

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